Het opleidingsinstituut heeft opleidingsovereenkomsten met verschillende ziekenhuizen c.q. opleidingsinstellingen in Nederland. Hier kunnen aios-IGT hun klinische onderdelen doorlopen op afdelingen Chirurgie, Kindergeneeskunde en/of Gynaecologie en Obstetrie. 
Begeleiding in opleidingsinstellingen vindt plaats door ervaren opleiders, bij voorkeur met een achtergrond in lage-inkomenslanden / de tropen. 

In 2022 zijn 41 opleidingsinstellingen aan het opleidingsinstituut verbonden (19 maal verloskunde en gynaecologie, 14 maal heelkunde en 8 maal kindergeneeskunde), gevestigd in 26 ziekenhuizen.

Voor de kwaliteitsontwikkeling en -bewaking van de opleiding IGT is het belangrijk dat de opleidingsplaatsen in de opleidingsinstellingen worden geëvalueerd door de aios-IGT. Hiervoor is een procedure met bijbehorend formulier ontwikkeld. Dit formulier wordt zo’n zes weken voor het einde van ieder klinisch onderdeel verstrekt aan en ingevuld door de aios. Hierdoor wordt de aios aangemoedigd om het opleidingsonderdeel in de laatste fase kritisch te doorlopen en kan hij/zij zo nodig de keuze maken op de punten die in het formulier staan in dialoog te gaan met de opleider.
Een compilatie van de evaluaties wordt door het opleidingsinstituut anoniem gedeeld met het CIGT en zal worden besproken op de opleidersvergadering waarin opleiders en opleidingsinstellingen vertegenwoordigd zijn.